نشبت أزمة بين جمال عبد الناصر والرئيس محمد نجيب في يناير ١٩٥٤ حول كلا من قرار مجلس قيادة الثورة بحظر نشاط الإخوان المسلمين (وهو التنظيم الشعبي الوحيد الذي ظل خارج السيطرة الحكومية المباشرة)، فضلا عن خلافات أخري تتعلق بالقرارات التي تصدر من مجلس قيادة الثورة ، فقرر محمد نجيب أن يضع نهاية لخلافاته المتصلة مع أعضاء مجلس قيادة الثورة، فقدم نجيب استقالته مكتوبة في ٢٢ فبراير ١٩٥٤ .

واستغل عبد الناصر مساندة مجلس قيادة الثورة له في إعفاء محمد نجيب من جميع مناصبه( رئاسة الوزراء، ورئاسة الجمهورية، ورئاسة مجلس قيادة الثورة)، وحصل عبد الناصر علي لقب رئيس الوزراء ورئيس مجلس قيادة الثورة، تاركا منصب رئيس الجمهورية شاغرا، وقد أذاع المجلس علي المواطنين يوم ٢٥ فبراير ١٩٥٤ بيانا بأسباب الخلاف بين المجلس ومحمد نجيب ثم قبل المجلس عودة محمد نجيب إلي رئاسة الجمهورية في ٢٧ فبراير ١٩٥٤ .

لكنه اضطر لإعادة محمد نجيب كرئيس للجمهورية في أعقاب تهديد بانقلاب وجهه خالد محي الدين أحد الضباط الأحرار، كما أن التأييد لمحمد نجيب كان في صفوف الشعب أيضا، حينئذ استعاد محمد نجيب منصبه كرئيس للوزراء، ورئيس مجلس قيادة الثورة حتى عاد عبد الناصر مرة أخري ليأخذ هذين الموقعين في أبريل، وخلال فترة عودته البسيطة للسلطة حاول محمد نجيب إدخال بعض الحريات السياسية غير أنه تم إعاقتها تدريجيا ما إن أكد عبد الناصر سيادته، واستغل عبد الناصر جيدا أنصاره من أعضاء هيئة التحرير والنقابات العمالية لتنظيم مظاهرات شعبية لتأييده .

وأدت محاولة الإخوان لاغتيال عبد الناصر في أكتوبر ١٩٥٤ إلي انتهاز الفرصة لقمع الإخوان والإطاحة بمحمد نجيب متهما إياه بمساندته الإخوان ودعمه لهم ثم أجبر محمد نجيب على الاستقالة من المنصبين في ١٤ نوفمبر١٩٥٤م، ومن جميع المناصب التي كان يشغلها، وحددت إقامته في منزل زينب الوكيل بالمرج .

كما قرر أن يبقي منصب رئاسة الجمهورية شاغرا وأن يستمر مجلس قيادة الثورة أن يبقي منصب رئاسة الجمهورية شاغرا وان يستمر مجلس قيادة الثورة في تولي كافة سلطاته بقيادة الرئيس عبد الناصر، وتأكدت رئاسته للجمهورية في استفتاء شعبي جري في يونيه ١٩٥٦ .