بعد جلاء الفرنسيين نهائيًا عن مصر عاد التنافس الذي كان بين المماليك وخاصة بعد وفاة مراد بك في إبريل عام ١٨٠١، فانحصرت المنافسة على الزعامة في ذلك الوقت بين "عثمان بك البرديسي" و"محمد بك الألفي" ولكن رغم ذلك عمل العثمانيون على تنصيب "محمد خسرو باشا" واليًا على مصر في يناير ١٨٠٢، ولكنه فشل في مهمته حيث دار الصراع بين قواته والمماليك كما ثار ثورة عليه طائفة الارناؤود ( الألبانيين) بقيادة "طاهر باشا" وفي ٦ مايو ١٨٠٣ أعلن العلماء والمشايخ اختيار طاهر باشا قائم مقام ولكنه لم يظل طويلاً حيث تم اغتياله في مايو عام ١٨٠٣ على يد الانكشارية.فتولى بعده "محمد على" قيادة الحامية الألبانية في ١٨٠٣ وكانت مصر في حالة من الفوضى، فرأى محمد على أنه عليه التحالف مع "عثمان بك البرديسى" للتخلص من الحاكم العثماني الجديد "أحمد باشا" والزعيم المملوكي المنافس "محمد بك الالفى" وبالفعل تمكن محمد على من هذا التحالف من طرد الوالي أحمد باشا بعد أن حكم يومًا واحدًا.

بدأت سلطة محمد على تظهر في الميدان وبعد حوالي شهر اختلف محمد على مع البرديسي الذي أحدثت فداحة ضرائبه ثورة في القاهرة وأحدثت فداحة ضرائبه ثورة في القاهرة. انتهز محمد على هذه الفرصة لمصلحته، فانضم إلى المشايخ وكسب عطف الشعب وثقة علمائه، وأمر جنوده بمهاجمة المماليك بالقاهرة فخرجوا منها وذهبوا إلى الصعيد، ونجح محمد على بعد ذلك إلى تعيين خورشيد باشا محافظ الإسكندرية واليًا على مصر وكان خامس من تولى ولاية مصر في خلال سنتين.

استمرت الحرب بعد ذلك سجالا بين المماليك وجنود الوالي ومحمد على إلى أن ارتدوا عن القاهرة وانسحبوا مرة ثانية إلى الصعيد. وبعد مطاردة المماليك إلى الصعيد انهار التحالف القائم بين محمد على وخورشيد.
عمل محمد على لينال تأيد العلماء وخاصة نقيب الأشراف السيد عمر مكرم وما أن علم العلماء بوصول فرمان يقضى بعودة الألبانيين ورؤسائهم إلى بلادهم حتى طلبوا من محمد على البقاء في مصر لما عهدوه فيه من العدل والاستقامة فقبل محمد على ذلك ولكن على الرغم من ذلك بذل خورشيد مساعيه لإقصاء محمد على عن مصر.

و في يوم الاثنين ١٣ مايو أجمع العلماء على عزل خورشيد باشا وتعين محمد على واليًا مكانه فامتنع محمد على في بادئ الأمر حتى لا ينسب إليه انه المحرض على هذه الثورة و لكن السيد عمر مكرم والشيخ الشرقاوي قلداه خلعة الولاية فقبل محمد على الشروط التي رفضها خورشيد من قبل كما اقر إلى الرجوع إلى هؤلاء الزعماء في شئون الدولة و بهذا و نزولا عن إرادة زعماء الشعب أصبح محمد على والى على مصر في ١٣ مايو ١٨٠٥.