بعد قيام ثورة يوليو كانت العلاقات بين جماعة الإخوان المسلمين ومجلس قيادة الثورة هادئة، ووقفت الثورة إلى جانب جماعة الإخوان المسلمين وتمثل ذلك في عدد من القرارات التي أصدرها مجلس قيادة الثورة ومن بينها إعادة التحقيق في قضية مصرع حسن البنا، والقبض على المتهمين باغتياله وتقديمهم لمحكمة جنايات القاهرة.
وعلى أثر بعض الخلافات التي ثارت بين مجلس قيادة الثورة وجماعة الاخوان المسلمين، أصدر مجلس قيادة الثورة قرار بحل جماعة الاخوان المسلمين، واعتبارها حزبًا سياسيًا يطبق عليه أمر مجلس قيادة الثورة السابق الخاص بحل الأحزاب السياسية.