ولد حسين فخري بالقاهرة عام ١٨٤٣، وتربى فيها وتلقى تعليمه في قصر والده وبالمدارس الأميرية.

انتدبته الحكومة المصرية في عام ١٨٦٧ لتأدية مهمة في باريس، وأثناء ذلك أرسل له والده يطلب منه البقاء لدراسة العلوم القانونية، عقب إتمام علومه عاد إلى مصر ١٨٧٤ في عهد الخديوي إسماعيل وعين في نظارة (وزارة) الحقانية، ثم ترقى نائباً عمومياً في محكمة مصر الابتدائية المختلطة.

تولى رئاسة النظارة ونظارة الداخلية في نظارته (١٥ يناير ١٨٩٣- ١٨ يناير ١٨٩٣)، ولكنه لم يمكث سوى ثلاثة أيام نظراً لمعارضة بريطانيا، وموقفه السابق من المشروع البريطاني لإصلاح القضاء المعروف بمشروع سكوت. تولى وزارة الأشغال والمعارف العمومية في نظارة نوبار الثالثة (١٥ إبريل ١٨٩٤- ١٢ نوفمبر ١٨٩٥). ثم جمع بين وزارتي الأشغال والمعارف العمومية مرة أخرى في عهد نظارة مصطفى فهمي الثالثة (١٢ نوفمبر ١٨٩٥- ١١ نوفمبر ١٩٠٨) وهي أطول مدة يتولاها وزير، فقد بقى في منصبه ١٤ عاماً (١٨٩٤- ١٩٠٨).

كانت من أبرز إنجازاته في وزارتي المعارف والأشغال العمومية: إدخال تعليم الدين والسلوك في منهج التعليم الابتدائي عام ١٨٩٧، إنشاء قسماً للمعلمات في المدرسة السنية، وفي عام ١٩٠٣ أنشئت مدرسة لمعلمات الكتاتيب، وأنشئت أول مدرسة للمعلمين الأولية عام ١٩٠٤، كما أتمت الحكومة بناء الدار الكبرى للمحاكم الأهلية، ودار الكتب، ودار العاديات المصرية، وفي عهده أنشئت أربعة أعمال كبري علي النيل منها: ثلاث قناطر، وهدارات غاطسة خلف القناطر الخيرية، وبهذا دخلت مصر مرحلة مهمة في تاريخ الري.

توفي حسين فخري عام ١٩٢٠.