مصطفى فهمي باشا نجل حسين أفندي البكباشي التركي الأصل، وكانت عائلته تسكن في بلاد الجزائر، وعقب احتلال فرنسا لها عام ١٨٣٠ هاجر والده إلى مصر.

التحق بمدرسة الحوض المرصود، ثم انتقل إلى المدرسة الحربية بالقلعة، وكان يتولى نظارتها رفاعة الطهطاوي. بعد تخرجه من الجيش ظل يرتقي درج المناصب العسكرية، وعين ياوراناً للوالي عباس الأول، ومأمورا لضبطية الإسكندرية (١٨٧١- ١٨٧٢)،ثم ناظراً للخاصة الخديوية، فسرتشريفاتياً خديوياً، ثم تبوأ منصب محافظ القاهرة عام ١٨٧٣.
تولى منصب ناظر الأشغال العمومية في عهد نظارة محمد شريف الثانية (٥ يوليه ١٨٧٩- ١٨ أغسطس ١٨٧٩)، فناظراً للخارجية في النظارة التوفيقية الثانية (١٨ أغسطس ١٨٧٩- ٢١ سبتمبر ١٨٧٩)، ونظارة مصطفى رياض الأولى (٢١ سبتمبر ١٨٧٩- ١٠ سبتمبر ١٨٨١)، ونظارة محمد شريف الثالثة (١٤ سبتمبر ١٨٨١- ٤ فبراير ١٨٨٢)، فناظراً للخارجية والحقانية في عهد نظارة محمود سامي البارودي الأولى (٤ فبراير ١٨٨٢- ١٧ يونيه ١٨٨٢).

تولى تشكيل نظارته الأولى في (١٤ مايو ١٨٩١ – ١٧ يناير ١٨٩٢)، وتولى منصب ناظر الداخلية في هذه النظارة، كما شكّل نظارته الثانية في (١٧ يناير ١٨٩٢- ١٥ يناير ١٨٩٣) وتولى فيها نظارة الداخلية، ثم شكّل نظارته للمرة الثالثة بالإضافة إلى منصب ناظر الداخلية (١٢ نوفمبر ١٨٩٥- ١١ نوفمبر ١٩٠٨)، بمعنى أنه أصبح رئيساً لحكومة مصر لمدة ثلاثة عشر عاماً فيما يعرف بعهد وزارات الاستسلام للاحتلال الانجليزي.من أهم أعماله: أنشئ في عهده مدرسة البوليس (الشرطة) عام ١٨٩٦، وإبرام معاهدة ١٩ يناير ١٨٩٩.من أهم حوادث عهده: تأسيس البنك الأهلي المصري عام ١٨٩٨، العقبة (اوطابا) مايو ١٩٠٦، حادثة دنشواي (١٣ من يونيو ١٩٠٦).

توفي مصطفى فهمي في عام ١٩١٤